„Ninjutsu“ (忍術) ist japanisch und bedeutet wörtlich übersetzt „die Kunst (besser: Technik) des Versteckens oder Erduldens“ und wird auch „Die Kunst des ausdauernden Herzens“ genannt, weil Geduld, Ausdauer und Selbstdisziplin zu den entscheidenden Tugenden der Ninja gehörten. Hiermit wird die Kunst der japanischen Ninja bezeichnet, die historisch belegbar zwischen dem 12. und 15. Jahrhundert entstanden ist und in verschiedenen Schulen/Stilrichtungen den so genannten Ryu erhalten blieb. Es sind drei historisch relevante Geheimtexte aus dem 16. und 17. Jahrhundert bis heute erhalten geblieben: das Shôninki, das Bansenshûkai und das Ninpiden, welche die Überlieferung solcher Schulen aufzeigen.
Über den Beginn der Kampfkunst, die heute mehrheitlich als Ninjutsu bezeichnet wird, gibt es viele Theorien. Es ist schwierig, einen genauen Ort, Personen oder eine Zeit für den Anfang des Ninjutsu zu finden. Dennoch sind Namen von Personen bekannt, die Ninjutsu mit Sicherheit betrieben und weiterentwickelt haben wie z.B. Minamoto no Yoshitsune, die Familien Hattori-Hanzo, Momoti und andere. In der Kampfsportszene wird davon ausgegangen, dass Ninjutsu mindestens 800 Jahre alt ist. Teilweise gehen Zeitangaben aber auch bis in das 6. Jahrhundert zurück, dennoch gibt es dafür keine eindeutigen schriftlichen Zeugnisse und die ersten Schulen entstanden nicht vor dem 13. bis 15. Jahrhundert.
Die Ninja bezeichneten sich nicht selbst als solche, sondern betrachteten sich vielmehr als Praktiker religiöser, politischer und militärischer Strategien, welche sich auch außerhalb der beschränkten Sichtweisen der ritualisierten Samuraikultur bewegten. Deshalb wird oft behauptet, dass sie so ein kulturelles Gegenteil der konventionellen Mentalität der damaligen Zeiten darstellten. Der Ursprung der Kunst liegt jedoch im Dunkeln, was auch teilweise an bewußter Verfälschung und Mystifizierung der Ninja durch die verschiedensten Kreise liegt. So haben postmoderne Hollywoodmythen eine Karikatur des Schattenkriegers gezeichnet, der so sicher nie existiert hat. Hier wird das Feindbild des Terroristen oder des vermummten Bösewichts auf eine geeignet scheinende Figur projiziert. Aber auch in Japan wurde den "Ninjas" (wie oben erwähnt oft eine Fremdbezeichnung) vieles nachgesagt, was zu einer Mystifizierung von außen beitrug. Aber auch den Schulenbetreibern selbst liegt natürlich etwas daran, ihre Kunst geheimnisvoll erscheinen zu lassen.
Nicht belegte Dokumente sprechen davon, dass chinesische Männer aus ihrer Heimat flohen und auf den Inseln Japans Zuflucht suchten. Unter den Flüchtlingen befanden sich Krieger, Gelehrte und Mönche, die das Wissen, was sich im Laufe der Zeit im Kaiserreich China ansammelte, mit nach Japan brachten. Dies waren die Vorfahren der späteren Ninja, die als Mystiker und Asketen lebten.
Es gibt heute nur noch drei authentische Ninjutsu-Schulen (Ryū), diese sind:
- Togakure Ryū
- Gyokushin Ryū
- Kumogakure Ryū
Diese Schulen sind jedoch zusammen mit 6 Schulen der Samurai unter dem Bujinkan Dōjō zusammengefasst, dessen 34. Großmeister zur Zeit Dr. Masaaki Hatsumi ist.