Das Bujinkan Dōjō (Tempel des göttlichen Kriegers) wurde 1972 von Sōke Dr. Masaaki Hatsumi, nachdem er von Takamatsu Toshitsugu den Großmeister-Titel über neun verschiedene Kampfkunst-Schulen (Ryū-ha) erhielt, gegründet. Dies war ursprünglich der Raum, wo Hatsumi mit seinen ersten fünf Schülern; Manaka, Tanemura, Oguri, Ishizuka und Seno trainierte. Diesen Raum gibt es heute nicht mehr, er wurde 1990 abgerissen und ein paar Meter weiter Hatsumi Sensei´s damaliges Haus gebaut, welches heute als das Bujinkan Office fungiert.
Am 9. September 1998 eröffnete Hatsumi Sensei das neue Hombu Dōjō. Es heißt Bujinden Dōjō, was soviel wie „Palast des göttlichen Kriegers“ bedeutet.
Soke Hatsumi entwickelte ein System um die verschiedenen Aspekte der einzelnen Ryu zusammen zu lehren. Dieses System nannte er zu Ehren seines Lehrers Toshitsugu Takamatsu "BUJINKAN" und die Form der Unterrichtung nannte er "Bujinkan Ninpo Taijutsu" bzw. "Bujinkan Budo Taijutsu". Vor ein paar Jahren nannte er die Unterrichtsform von Bujinkan Ninpo Taijutsu in Bujinkan Budo Taijutsu um. Durch das Budō soll der Schüler mehr Möglichkeiten erhalten die Essenz der Kampfkunst zu erfahren.
Takamatsu Toshitsugu wird als BUJIN (göttlicher Krieger) im Bujinkan in Erinnerung gehalten, welches zu seinen Ehren so von Soke Dr. Masaaki Hatsumi benannt wurde.